Lucrările la Autostrada Brașov-Făgăraș trebuie să țină cont de ariile protejate pe care le traversează. În acest sens, Agenția pentru Protecția Mediului Brașov a pregătit un îndrumar de ale cărui însemnări trebuie să țină cont proiectantul în documentațiile pentru obținerea avizelor de mediu. Proiectanţii care lucrează la traseul drumului de mare viteză (SC Search Corporation SRL) trebuie să ţină cont de faptul că între Braşov şi Făgăraş sunt mai multe arii naturale protejate. Autostrada va trece prin aria protejată Dumbrăviţa – Rotbav – Măgura Codlei și prin aria de protecţie specială Perşani. Autostrada se va afla și în vecinătatea ariilor protejate Lunca Bârsei, Oltul Superior, Complexul Pisciol Dumbrăviţa (Delta din Carpaţi), Munţii Făgăraş, Poienile cu Narcise Dumbrava Vadului, Oltul Mijlociu – Cibin – Hârtibaciu şi Podişul Hârtibaciului. Conform APM, consultantul va trebui să precizeze dacă investiţia va cauza schimbări majore în ariile protejate şi în ce măsură vor fi afectate speciile protejate, prezentând şi o serie de măsuri pentru reducerea sau eliminarea impactului asupra mediului.
